INFORMAÇÕES GERAIS
AÇÃO
| Código SIEX: | 13407 |
| Ano Base: | 2017 |
| Título da ação: | Introdução à utilização da linha de comando em Linux e ferramentas para análise de dados de sequenciamento genômico (Turma A) |
| Tipo de ação: | CURSO DE EXTENSÃO |
PERFIL
| Linha programática ou de extensão: | Educação Continuada |
| Área tematica: | TECNOLOGIA, PRODUÇÃO E INOVAÇÃO |
| Caracterização: | INICIAÇÃO |
| Modalidade: | Presencial |
| Grande área de conhecimento (CNPq): | MULTIDISCIPLINAR |
| ODS: | Não informado |
| Área de conhecimento (CNPq): | MULTIDISCIPLINAR / Computação |
| Coordenador (Responsável Técnico Científico): | REGINALDO MASSANOBU KUROSHU |
| Resumo: | 1) Introdução à utilização da linha de comando em Linux - Introdução ao UNIX: Definição, história e apresentação do prompt de comando; - Sistema de arquivos do UNIX: visualização, manipulação e identificação de correspondências (more, less, cut, grep, head, cat, tail, wc, etc.); - Comandos básicos para organização de arquivos e diretórios: ls, cd, pwd, mkdir, rm, touch, mv, cp, etc.; 2) Ferramentas para análise de dados de sequenciamento genômico: Parte 1 - Pré-processamento dos dados - Tipos de Arquivos para armazenamento de dados genômicos: FASTA, FASTQ, SAM, BAM, VCF; - Checar a qualidade dos dados de sequenciamento utilizando o FASTQC; - Remoção de subsequências com baixa qualidade com base no relatório gerado pelo FASTQC; - Mapeamento comparativo com referência genômica utilizando o BWA e o Bowtie; - Ordenação do mapeamento de acordo com as posições dos cromossomos utilizando o Samtools; - Visualização dos dados utilizando o software Tablet; - Verificando a abundância e a profundidade do mapeamento utilizando o Samtools; 3) Ferramentas para análise de dados de sequenciamento genômico: Parte 2 - Busca por Variações Genéticas - Identificação de Variações Genéticas utilizando o FreeBayes; - Visualizando as variações genéticas identificadas utilizando o IGV; - Compreendendo a função das contigs identificadas com mutações utilizando o BLAST contra um banco de dados; - Arquivo de anotação GFF. |
| Observações aos interessados: | A participação no curso está condicionada à participação no evento Curso de Inverno em Bioinformática: Workshop e seleção baseada em carta de motivação do interessado. |
CURSO
| Número de vagas: | 80 |
| Período de inscrição: | 10/07/2017 a 11/07/2017 |
| Inscrição: | Não recebe inscrições |
| Período de realização: |
12/07/2017 a 12/07/2017 |
| Calendário de realização: | Não informado |
| Local de realização: |
ICT-Unifesp, Unidade Parque Tecnológico Logradouro: Avenida Cesare Mansueto Giulio Lattes, 1201 Bairro: Eugênio de Melo CEP: 12247-014 Cidade/Estado: SAO JOSE DOS CAMPOS/SP |
| Pré requisito: | Participação no workshop do Curso de Inverno em Bioinformática e seleção por carta de motivação |
| Carga horária: | Total: 8 h ( Prática: 6 h - Teórica: 2 h ) |
| Taxas: | Inscrição: Gratuita Mensalidade: Não informado |
| Processo seletivo: |
Instruções aos candidatos:
Não informado
Período de seleção: Não informado Limite de análise de candidaturas: Não Tipos de processo seletivo:
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| Parceria/Convênio: | Não |
| Mais informações: | Não há |
| Site de divulgação: | https://bioinfounifesp.wixsite.com/cursoinverno |
| Plano de ensino: | Visualizar |
INFORMAÇÕES DE CONTATO
| Nome do contato: | KATIUCIA ZIGIOTTO |
| Telefones: |
(12) 3924-9562 - Ramal/VOIP: N/A |
| Email: | alexandre.aono@gmail.com |